Производство ферментных катализаторов. Как правило, природные или рекомбинантные ферменты для биокатализа синтезируются путем ферментации, чаще всего с использованием бактерий, но иногда их также получают из дрожжевых культур. Хотя ферменты можно получать и из более сложных культур клеток млекопитающих, бактерии и дрожжи обычно содержат достаточное количество естественных молекулярных путей для фолдинга и умеренных посттрансляционных модификаций, необходимых для рекомбинантных биокаталитических ферментов. Полученные таким образом ферменты обычно выделяют путем лизиса или другого метода разрушения клеточных структур, пригодного для высвобождения рекомбинантных ферментов, и далее очищают теми же способами, что и другие биологические фармацевтические препараты. Ферментация, сбор материала и последующее выделение целевого продукта представляют собой отдельные задачи, которые решаются с помощью процессно-аналитической технологии (PAT).
Стабилизация и иммобилизация. Иммобилизация ферментов используется для получения более стабильных и активных ферментов, пригодных для повторного использования. Как правило, поперечно сшитые ферментные агрегаты (ПСФА) могут быть образованы на различных твердых субстратах, таких как кремнезем, смолы и полимеры (например, полиэтиленгликоль), и даже на липидных наночастицах (LNP). В некоторых процессах химии непрерывных потоков ПСФА формируются на поверхностях и датчиках, например на таких, которые используются в измерениях поверхностно-усиленными методами для аналитических или каталитических целей. Проблемы синтеза родственных компонентов, адсорбции, конъюгации и других типов ассоциации, а также стабильности продукта и рецептуры решаются способами, применяемыми при производстве вакцин и использовании адъювантов.
Сбор и выделение продукта. По завершении биокаталитического процесса ПСФА отделяются от продукта и остаточных реагентов для повторного использования или хранения. Впоследствии низкомолекулярные продукты могут быть выделены с помощью фильтрации или хроматографии, хотя во многих случаях предпочтение по-прежнему отдается методам кристаллизации. Высокомолекулярные продукты биокатализа выделяются, как правило, с применением обычных технологий.