Indem sie die gleichzeitige Durchführung mehrerer Experimente ermöglicht, spart die Parallelsynthese viel Zeit bei der Unterscheidung von Verbindungen.
Die Parallelsynthese beschleunigt die Entdeckung neuer Verbindungen und ermöglicht ein Screening für optimale Prozessbedingungen. In der Pharmaindustrie dient die Parallelsynthese zur beschleunigten Entdeckung und Entwicklung potenzieller Arzneiwirkstoffe. Sie ermöglicht beispielsweise die Synthese kompletter Bibliotheken mit unterschiedlichen chemischen Strukturen für die Untersuchung auf potenzielle biologische Aktivität.
Die Parallelsynthese eignet sich für Anwendungsbereiche unterschiedlicher Größenordnung, darunter die Identifizierung und Optimierung von Wirkstoffen sowie das Screening für optimale Reaktionsbedingungen. Sie beschleunigt damit die Optimierung bei der Prozessskalierung und -entwicklung, indem sie besseren Einblick in die Auswirkungen der Reaktionsvariablen liefert: Lösungsmittelsysteme, optimale Temperaturen und Konzentrationen, die richtigen Reagenzien, Reaktionszeiten und Auswahl der Katalysatoren.