V primerjavi z on-line meritvami, ki so na voljo za druge parametre, ki jih zahtevajo farmakopejski predpisi, lahko analiza mikrobiološke kontaminacije s štetjem kolonij izjemno upočasni vaš proces. Te laboratorijske metode merjenja so prisotne že več kot stoletje, sam postopek pa se ni veliko spremenil. Vzorec vode pustimo na krožniku z agarjem pet ali več dni in nato preštejemo število kolonijskih enot (CFU). Ta metoda ni samo počasna, ampak tudi zagotavlja le vpogled v kakovost vode sistema v trenutku odvzema vzorca.
Z on-line analizatorjem mikrobiološke kontaminacije je in-line zaznavanje hitrejše od laboratorijskih metod; zato lahko pri nepričakovanem povečanju mikrobiološke kontaminacije v vodi hitreje spremenite postopek. To zagotavlja sprotne podatke v realnem času in s tem tudi celostno sliko biološkega onesnaževanja v vodnih sistemih.
Družba METTLER TOLEDO priporoča uporaba analizatorja mikrobiološke kontaminacije skupaj s štetjem kolonij in ne kot nadomestilo štetja kolonij.