Obstajajo številni načini merjenja mikrobne kontaminacije vode, USP pa za farmacevtske vode priporoča posebne načine merjenja. Običajno se za sproščanje vode uporabljajo metode s štetjem kolonij; te pa so podvržene napakam, postopek pridobivanja rezultatov pa lahko traja 5–7 dni. Poleg tega štetje kolonij zahteva ustvarjanje kolonije bakterij na plošči, zato se merilna enota imenuje "kolonijska enota" (CFU), ki označuje oceno skupnega števila bakterij v vzorcu. Drug način merjenja mikrobne kontaminacije v vodi se izvaja na podlagi lasersko inducirane fluorescentne svetlobe z analizatorjem mikrobne kontaminacije. Ti analizatorji uporabljajo tehnologijo lasersko inducirane fluorescentne svetlobe za merjenje skupnega števila celic v vzorcu vode. Sistemi, ki uporabljajo tovrstno tehnologijo, omogočajo sprotno at-line spremljanje mikrobne kontaminacije v farmacevtskih vodah s takojšnjim prepoznavanjem celic v vodi oziroma samofluorescentnih enot (AFU).