يمكن إخراج الجزيء محل الاهتمام أو يمكن أن يتراكم داخل الخلايا. عندما يحدث هذا ، يجب أولا تعطيل الخلايا ومنع التدهور وفصل الشوائب عن الجزيء محل الاهتمام.

يعد الطرد المركزي والترشيح الدقيق من الطرق المثلى لفصل الجزيء عن الخلية ، ويمكن جمع المادة الطافية فقط لمزيد من التنقية.

يمكن أن يوفر القياس في الوقت الفعلي للضغط أو التدفق أو تراكم الجسيمات أو توزيع الحجم أو درجة الحموضة أو تعكر الخلية التي تغذي داخل وخارج المرشحات تحكما في التغذية المرتدة لتقليل تعطل العملية.

يتم تعطيل الفيروسات وجعلها غير مسببة للأمراض. يضمن التحليل الطيفي المباشر ، والتعكر ، ومراقبة درجة الحموضة ، والتحكم الاتساق طوال العملية.

يتم عزل المنتج المستهدف وتركيزه بواسطة اللون.

بينما يتم التقاط الأجسام المضادة بواسطة كروماتوغرافيا التقارب باستخدام الراتنجات مع البروتين A أو البروتين G أو غيرها من الطرق المهندسة بشكل انتقائي ، غالبا ما يتم التقاط قليل النيوكليوتيدات والجزيئات غير البروتينية بواسطة كروماتوغرافيا التبادل الأيونيوالسكريات والجليكان المعقد عن طريق التفاعل الكارهة للماء أو كروماتوغرافيا IMAC.

تشمل القياسات الشائعة الضغط والتدفق والأس الهيدروجيني والتحليل الطيفي بالأشعة تحت الحمراء لتحويل فورييه (FTIR) والأشعة فوق البنفسجيةوالتوصيل  قبل عمود الكروماتوغرافيا لمراقبة مدخلات التغذية المتغيرة وتوفير معلومات عن جودة العمود وأدائه. 

مع خطوة التنقية ، تتم إزالة الشوائب المتبقية (مثل البروتيناتوالأحماض النووية والسموم الداخلية وما إلى ذلك) من خلال سلسلة من عمليات الوحدة - التوضيح ، والاستخراج ، والكروماتوغرافيا ، وترشيح التدفق العرضي - بينما يتم الاحتفاظ بالمنتج قدر الإمكان ويتم تركيزه بشكل أكبر باستخدام ترشيح التدفق العرضي (TFF) عبر الترشيح الفائق / الترشيح (UF / DF).

الهدف هو زيادة النقاء دون فقدان الغلة. تضمن مراقبة التدفق والضغط والموصلية ودرجة الحموضة والتعكر ووزن الخضوع أثناء إعداد المخزن المؤقت وتنقيته الموثوقية طوال العملية.

يتم تعطيل الفيروسات وجعلها غير مسببة للأمراض لضمان سلامة العلاجات الحيوية عن طريق تغيير بيئة المحلول (خفض درجة الحموضة أو إضافة المذيبات / المنظفات). يضمن التحليل الطيفي المباشر ، والتعكر ، ومراقبة الأس الهيدروجيني و ORP ، والتحكم الاتساق طوال العملية.

مع التلميع ، يتم تحقيق النقاء النهائي.

يستخدم العلماء كروماتوغرافيا استبعاد الحجموترشيح التدفق العرضي لإزالة الشوائب النزرة - الجسيمات الفيروسية ومسببات الأمراض البكتيرية والسموم الداخلية - وتبادل محلول التنقية مع التركيبة الأولى.

بينما يمكن أن يساعد التحليل الطيفي FTIR في تحديد مكونات الكسور وتحديدها أثناء تلميع اللوني ، ومراقبة الضغط ، والتدفق ، والموصلية ، ودرجة الحموضة ، والتعكر في جميع عمليات وحدة التلميع - بما في ذلك إعداد المخزن المؤقت ، والتعهد بسلامة المنتج ، والجودة.