Il existe une foule de méthodes pour mesurer la contamination microbienne de l’eau. L’USP recommande des manières spécifiques pour l’eau à usage pharmaceutique. La méthode traditionnelle de comptage sur plaque est très répandue dans le cadre de la distribution d’eau ; cependant, elle est sujette à des erreurs et les résultats demandent 5 à 7 jours. Le comptage sur plaque impose également de créer une colonie de bactéries sur une plaque, et par conséquent, l’unité de mesure est appelée « unité formant colonie (UFC) », qui désigne une estimation du total des bactéries présentes sur une plaque d’échantillons. Une autre méthode pour mesurer la contamination microbienne de l’eau consiste à utiliser la fluorescence induite par laser, à l’aide d’un analyseur de détection microbienne. Ces analyseurs utilisent la technologie de fluorescence induite par laser pour mesurer le nombre total de cellules présentes dans le volume d’eau de l’échantillon. Les systèmes adoptant ce type de technologie permettent de contrôler, en ligne et en temps réel, la contamination microbienne de l’eau à usage pharmaceutique par l’identification des cellules présentes dans l’échantillon, appelées unités autofluorescentes (AFU), de manière immédiate.
