Vi sono diversi modi per misurare la contaminazione microbica dell'acqua; l'USP ne consiglia alcuni specifici per le acque a uso farmaceutico. Di norma, si ricorre ampiamente ai metodi di conteggio su piastra per il rilascio delle acque; tuttavia, possono creare errori e richiedere 5–7 giorni per fornire i risultati. II conteggio su piastra richiede anche la formazione di una colonia di batteri sulla piastra, la cosiddetta unità formante colonie o CFU, ossia una stima dei batteri totali presenti nella piastra campione. Un altro modo di misurare la contaminazione microbica dell'acqua sfrutta la fluorescenza indotta dal laser: un analizzatore di carica microbica misura il numero totale di cellule presenti nel campione d'acqua. I sistemi che sfruttano questo tipo di tecnologia consentono di monitorare in tempo reale e nei pressi della linea la contaminazione microbica delle acque a uso farmaceutico identificando istantaneamente le cellule presenti nel campione, che vengono definite unità autofluorescenti (AFU).