Có nhiều cách đo độ nhiễm bẩn vi khuẩn trong nước, và USP khuyến cáo một số cách cụ thể để thực hiện điều đó cho nước dược phẩm. Thông thường, phương pháp đếm đĩa được sử dụng rộng rãi để giải phóng nước; tuy nhiên, phương pháp này dễ xảy ra sai sót và có thể cần 5-7 ngày mới có kết quả. Phương pháp đếm trên đĩa cũng cần tạo ra một quần thể vi khuẩn trên đĩa, vì thế đơn vị đo lường được gọi là "đơn vị hình thành khuẩn lạc" hoặc CFU - một số lượng ước lượng các vi khuẩn có mặt trên đĩa mẫu. Một phương pháp khác để đo nhiễm bẩn vi khuẩn trong nước đó là bằng huỳnh quang kích hoạt bởi laze, với một máy phân tích phát hiện vi khuẩn. Các máy phân tích này sử dụng công nghệ huỳnh quang cảm ứng bằng laser để đo tổng số tế bào có trong lượng nước mẫu. Các hệ thống sử dụng loại công nghệ này cho phép theo dõi nhiễm bẩn vi khuẩn at-line theo thời gian thực trong nước dược phẩm bằng cách xác định các tế bào có trong mẫu nước ngay lập tức và được ghi nhận là các đơn vị tự phát sáng (auto fluorescent units - AFUs).