Det finns ett otal metoder för att mäta mikrobiella föroreningar i vatten, och när det gäller läkemedelsvatten rekommenderar USP specifika tillvägagångssätt. Traditionellt har man ofta utfört en bakterieräkning inför påsläpp av vatten, men denna metod är felbenägen och det kan ta 5–7 dagar innan man får några resultat. Bakterieräkning kräver också framodling av en kolonibildande enhet (CFU) på en agarplatta, och slutresultatet blir alltså en uppskattning av totalt antal bakterier i provet. Ett annat sätt att mäta mikrobiell kontaminering i vatten är laserinducerad fluorescens kombinerat med en analysator för mikrobiell detektion. Dessa analysatorer utnyttjar tekniken med laserinducerad fluorescens för att mäta det totala antalet celler som finns i vattenprovet. System som utnyttjar den här typen av teknik möjliggör at-line-övervakning i realtid av mikrobiell kontamination i läkemedelsvatten genom att omedelbart identifiera de celler som finns i vattenprovet, och detta rapporteras som autofluorescerande enheter (AFU:er).