Confirmación de secuencias de Oligonucleótidos en tiempo real

Las fosforamiditas de nucleótidos (en lo sucesivo denominadas "amiditas") se utilizan como bloques de construcción durante la síntesis de Oligonucleótidos Antisentido (ASO). Antes de iniciar la síntesis de ASO, se ceban las líneas de solución de amiditas. A continuación, la síntesis se lleva a cabo haciendo fluir un volumen de una solución de amidita específica a través de un soporte en fase sólida, y el proceso se repite utilizando la misma o diferentes soluciones de amidita para construir el oligonucleótido antisentido de interés.

Para garantizar la adición de la solución de amidita correcta, se aplican controles de ingeniería como el uso de tanques de solución y entradas de proceso dedicados y etiquetados. Se emplean recetas específicas del programa para ejecutar la secuencia prevista. Sin embargo, estos controles no evitan los errores involuntarios asociados a la preparación de amiditas en el tanque incorrecto o a la ejecución de una receta de proceso incorrecta. Por lo tanto, se desea la identificación en tiempo real de las soluciones de amidita entrantes durante el cebado del sintetizador y la síntesis para confirmar la preparación/conexión de la solución de amidita y la identificación (ID) de la secuencia de oligonucleótidos, respectivamente. Biogen identificó la oportunidad de la identificación de la solución de amidita en tiempo real utilizando la espectroscopia de infrarrojos por transformada de Fourier (FTIR) de reflectancia total atenuada (ATR) en línea. ATR-FTIR ofreció la capacidad fundamental de identificar componentes en matrices simples en tiempo real e in situ al procesar los resultados de ATR-FTIR con un modelo de clasificación de Análisis Discriminado de Mínimos Cuadrados Parciales (PLS-DA).

Esta presentación comparte la experiencia de Biogen en el desarrollo del método de clasificación PLS-DA, el diseño de la aplicación comercial PAT y la implementación del sistema automatizado.