Существует множество способов измерения микробиологического загрязнения воды, а для контроля воды фармацевтического качества Фармакопея США предписывает использовать специальные методики. При выпуске воды часто применяются стандартные методы с использованием чашки Петри. Для этих методов характерна высокая вероятность ошибок. Кроме того, для получения результата требуется от 5 до 7 дней. Для подсчета в чашке Петри необходимо вырастить колонию бактерий, поэтому для оценки общего количества бактерий, присутствующих в образце используются колониеобразующие единицы (КОЕ). Другой способ оценки микробиологического загрязнения воды с помощью анализатора микробного числа основан на лазерно-индуцированной флуоресценции. Этот анализатор измеряет общее количество клеток в образце с помощью лазерно-индуцированной флуоресценции. Такая технология позволяет мгновенно выявлять клетки в воде и контролировать в режиме реального времени уровень микробиологического загрязнения фармацевтической воды в единицах аутофлуоресценции (AFU).