Der findes utallige måder at måle mikrobiel kontaminering i vand på, og USP anbefaler bestemte måder at gøre det på for farmaceutisk vand. Traditionelt set er kolonitællingsmetoder meget udbredte til frigivelse af vand. Disse metoder har dog en stor fejlrate, og det kan tage 5-7 dage at få resultater. Kolonitælling kræver også dannelsen af en koloni af bakterier på en enhed, og derfor kaldes måleenheden "kolonidannende enhed" eller CFU, som er et estimat af det samlede antal bakterier, der er til stede på prøvepladen. En anden metode at måle mikrobiel kontaminering i vand på er med laserinduceret fluorescens ved hjælp af en analysator til mikrobiel detektering. Disse analysatorer bruger laserinduceret fluorescensteknologi til at måle det samlede antal celler, der er til stede i vandprøvemængden. Systemer, der anvender denne type teknologi, muliggør at-line overvågning i realtid af mikrobiel kontaminering i farmaceutisk vand ved at identificere celler i prøvevandet øjeblikkeligt, og de rapporteres som autofluorescerende enheder (AFU'er).