感興趣的分子可以被排泄，也可以在細胞內積累。發生這種情況時，必須首先破壞細胞，防止降解，並從目標分子中分離雜質。

離心 和 微濾 是將分子與細胞分離的最佳方法，只能收集上清液進行進一步純化。

實時測量  進出篩檢程式的壓力、流量、 顆粒 積累、 粒度分佈、 pH 值或細胞的濁度，可以提供反饋控制， 以最大限度地減少過程中斷。

病毒被滅活並變得非致病性。 線上 光譜、濁度、pH 值監測和控制保證了整個過程的一致性。

通過色譜分離和濃縮目標產物。

使用含有蛋白 A、蛋白 G 的樹脂或其他選擇性工程方法通過親和色譜捕獲抗體，而寡核苷酸和非蛋白質分子通常通過 離子交換 色譜捕獲，多 糖和複合聚糖通常通過疏水相互作用或 IMAC 色譜捕獲。

常見的測量包括 色譜柱前的壓力、流量、pH、 傅里葉變換紅外 （FTIR） 光譜、 UV-Vis 和 電導率 ，以監測可變的進料輸入並提供有關色譜柱品質和性能的資訊。 

在純化步驟中，殘留雜質（如 蛋白質、 核酸、內毒素 等）通過 一系列單元操作（澄清、萃取、色譜、切向流過濾）去除，同時盡可能保留產品，並通過超濾/滲濾 （UF/DF） 使用切向流過濾 （TFF） 進一步濃縮。

目標是 在不損失產量的情況下提高純度。在緩衝液製備和純化過程中監測流量、壓力、電導率、pH 值、濁度和產量重量，確保整個過程的可靠性。

病毒被滅活並變得無致病性，通過改變溶液環境（降低 pH 值或添加溶劑/去汙劑） 來確保生物治療藥物的安全性 。在線 光譜、濁度、pH 和 ORP 監測和控制保證了整個過程的一致性。

通過拋光，可以達到最終的純度。

科學家使用 體積排阻色譜 和 切向流過濾 去除痕量雜質（病毒顆粒、細菌病原體和內毒素），並將純化緩衝液與配方 1 交換。

雖然 FTIR 光譜法可以幫助在 精純色譜過程中定量和確定餾分成分，但在整個精純裝置操作中 監測壓力、流量、電導率、pH 值和濁度 ，包括緩衝液製備、 產品安全和質量保證。