Molekula, ki jo zanima, se lahko izloči ali pa se lahko kopiči v celicah. Ko se to zgodi, je treba celice najprej prekiniti, preprečiti razgradnjo in ločiti nečistoče od molekule, ki jo zanima.

Centrifugiranje in mikrofiltracija sta optimalni metodi za ločevanje molekule od celice, za nadaljnje čiščenje pa se lahko zbere le supernatant.

Merjenje tlaka , pretoka, kopičenja delcev ,  porazdelitve velikosti, pH ali motnosti celic v realnem času lahko zagotovi povratni nadzor za zmanjšanje motenj v procesu.

Virusi se inaktivirajo in postanejo nepatogeni. Linijska spektroskopija, motnost, spremljanje pH in nadzor zagotavljajo doslednost v celotnem procesu.

Ciljni produkt se izolira in koncentrira s kromatografijo.

Medtem ko se protitelesa zajamejo z afinitetno kromatografijo z uporabo smol z proteinom A, proteinom G ali drugimi selektivno inženirskimi metodami, se oligonukleotidi in neproteinske molekule pogosto zajamejo z ionsko izmenjevalno kromatografijo, polisaharidi in kompleksni glikan s hidrofobno interakcijo ali kromatografijo IMAC.

Običajne meritve vključujejo tlak, pretok, pH, infrardečo spektroskopijo s Fourierjevo transformacijo (FTIR),UV-Vis in prevodnost pred kromatografsko kolono za spremljanje spremenljivih vhodnih vhodov in zagotavljanje informacij o kakovosti in zmogljivosti kolone.  

S korakom čiščenja se preostale nečistoče (kot so beljakovine, nukleinske kisline, endotoksini itd.) odstranijo z zaporednimi enotnimi operacijami - bistrenjem, ekstrakcijo, kromatografijo, tangencialno filtracijo - medtem ko se produkt čim bolj zadrži in nadalje koncentrira s pomočjo tangencialne filtracije (TFF) prek ultra / diafiltracije (UF / DF).

Cilj je povečati čistost brez izgube donosa. Spremljanje pretoka, tlaka, prevodnosti, pH, motnosti in teže donosa med pripravo in čiščenjem pufra zagotavlja zanesljivost v celotnem procesu.

Virusi se inaktivirajo in postanejo nepatogeni, da se zagotovi varnost bioterapevtikov s spreminjanjem okolja raztopine (znižanje pH ali dodajanje topil/detergentov). Linijska spektroskopija, spremljanje motnosti, pH in ORP ter nadzor zagotavljajo doslednost v celotnem procesu.

S poliranjem se doseže končna čistost.

Znanstveniki uporabljajo kromatografijo za izključitev velikosti in filtracijo tangencialnega pretoka za odstranjevanje nečistoč v sledovih - virusnih delcev, bakterijskih patogenov in endotoksinov - in zamenjajo čistilni pufer s formulacijo.

Medtem ko lahko FTIR spektroskopija pomaga kvantificirati in določiti frakcijske komponente med poliranjem kromatografije, spremlja tlak, pretok, prevodnost, pH in motnost v vseh operacijah polirne enote - vključno s pripravo pufra, obljubo za varnost izdelka in kakovost.