Existen numerosos métodos para medir la contaminación por carga biológica del agua, y la USP recomienda una serie de métodos específicos para realizar estas mediciones en aguas farmacéuticas. Tradicionalmente, los métodos de recuento en placa se utilizaban con frecuencia para la descarga de agua. No obstante, son propensos a los errores y pueden tardar de 5 a 7 días para obtener los resultados. El recuento en placa también requiere la formación de una colonia de bacterias en una placa y, por lo tanto, la unidad de medición se denomina «unidad formadora de colonias» o CFU, que es una estimación del número total de bacterias presentes en la placa de muestra. Otro modo de medir la contaminación por carga biológica en el agua es mediante la fluorescencia inducida por láser, con un analizador de detección de carga biológica. Estos analizadores utilizan la tecnología de fluorescencia inducida por láser para medir el número total de células presentes en el volumen de muestra de agua. Los sistemas que utilizan este tipo de tecnología permiten el control en línea y en tiempo real de la contaminación por carga biológica en aguas farmacéuticas mediante la identificación de las células presentes en el agua de la muestra de forma inmediata y que se expresa como unidades autofluorescentes (AFU).