Már számos módszer áll rendelkezésre a víz mikrobiális szennyezettségének mérésére. Az USP konkrét módszereket ajánl ennek elvégzésére a gyógyszeripari vizek esetében. A vízminőség monitorozására széles körben használt hagyományos csíraszámláló módszerek azonban hajlamosak a hibára, és az eredményekre akár 5-7 napot is várni kell. A csíraszám meghatározásához baktériumtelepet kell létrehozni egy mintalemezen, ezért hívják a lemezen lévő összes baktérium becsült mérőszámának mértékegységét telepképző egységnek (TKE, angol rövidítéssel CFU). A víz mikrobiális szennyezettségének mérésére szolgáló további módszer a lézerindukált fluoreszcencia egy mikrobiális detektáló analizátorral. Ezek az analizátorok lézerindukált fluoreszcens technológiával mérik a sejtek számát a vízmintában. Az ilyen típusú technológiát alkalmazó rendszerek lehetővé teszik a mikrobiális szennyezettség at-line, valós idejű monitorozását a gyógyszeripari vizekben. A vízmintában jelen lévő sejtek számát azonnal meghatározzák autofluoreszcenciás egységben (AFU).