Existuje mnoho způsobů měření mikrobiální kontaminace vody a lékopis USP doporučuje specifické způsoby, jak toto měření provádět u farmaceutických vod. Tradičně jsou ve spojitosti s uvolňováním vody nejvíce rozšířeny metody zjišťování počtu mikroorganizmů kultivací v laboratoři, jsou však náchylné k chybám a získání výsledků může trvat 5–7 dní. Zjišťování počtu mikroorganizmů kultivací rovněž vyžaduje vznik kolonie bakterií, proto se měrná jednotka nazývá jednotkou mikroorganizmů vytvářejících kolonie (CFU) a poskytuje odhad celkového počtu bakterií přítomných ve vzorku. Dalším způsobem měření mikrobiální kontaminace vody je laserem indukovaná fluorescence za použití analyzátoru pro detekci mikrobiální kontaminace. Tyto analyzátory využívají technologii laserem indukované fluorescence k měření celkového počtu buněk přítomných ve vzorku vody. Systémy využívající tento typ technologie umožňují přímé monitorování mikrobiální kontaminace farmaceutických vod v reálném čase pomocí okamžité identifikace buněk přítomných ve vzorku vody, jež jsou vykazovány v jednotkách s vlastní fluorescencí (AFU).