Existem diversas maneiras de medir a contaminação microbiana da água, e a USP recomenda formas específicas de fazê-lo em águas farmacêuticas. Tradicionalmente, os métodos de contagem de placas são amplamente utilizados para liberar água; no entanto, eles estão propensos a erros e podem levar de 5 a 7 dias para a obtenção de resultados. A contagem de placas também exige a formação de uma colônia de bactérias em uma placa; por isso, a unidade de medição é chamada de "unidade formadora de colônia" (CFU), que é uma estimativa do número total de bactérias presentes na placa de amostra. Outra forma de medir a contaminação microbiana na água é por meio da fluorescência induzida por laser, com um analisador de detecção microbiana. Esses analisadores empregam a tecnologia fluorescente induzida por laser, para medir o número total de células presentes no volume da amostra de água. Sistemas que utilizam esse tipo de tecnologia permitem o monitoramento em linha e em tempo real da contaminação microbiana em águas farmacêuticas, identificando as células presentes na amostra de água de forma imediata e relatando-as como unidades autofluorescentes (AFUs).