As halogenações são reações excepcionalmente úteis e abrangem um amplo escopo de uso em química sintética. Alguns exemplos: Cloração, bromação e iodização de aldeídos e cetonas na posição α é direta, embora essa reação com flúor não seja possível. A halogenação do α-hidrogênio em ácidos carboxílicos com bromo ou cloro pode ocorrer através da reação de Zell-Volhard-Zelinsky, no entanto, um catalisador como P ou PBr3 é necessário. Quanto mais fácil for enolizar um substrato, mais fácil será halogená-lo. Por esta razão, halogenetos de acila, anidridos, ésteres malônicos passam por α –halogenação sem a necessidade de um catalisador. A reação de rearranjo de Hoffman usa bromo para converter amidas em aminas. Os anéis aromáticos podem ser bromados ou clorados, mas requerem um catalisador como Fe (na verdade, FeCl3) ou AlCl3 ou AlBr3. O flúor em si é agressivo demais para a fluoração de aromáticos, mas existem reagentes como o ClO3F que podem ser utilizados para fluorar certos substratos, como fenóis. Em geral, o bromo e o cloro halogenam facilmente compostos com ligações duplas e triplas.
Embora a halogenação com X2 ou HX seja usada, essas moléculas são frequentemente tóxicas, corrosivas e difíceis de gerenciar. Como exemplos, o flúor e o HF são incrivelmente corrosivos, reativos, causam produtos colaterais indesejados e, em geral, são difíceis de trabalhar e controlar a exotermia da reação. Por esse motivo, foram desenvolvidos compostos que podem fornecer um átomo de flúor, mas são mais estáveis e controláveis. Por exemplo, o trifluoreto de dietilaminoenxofre (DAST) é um sólido estável que converte álcoois, aldeídos e cetonas no organofluoreto correspondente e é muito mais seguro e conveniente de usar do que os gases flúor ou tetrafluoreto de enxofre. Reagentes como SOCl2 e PCl5 são usados para produzir compostos organoclorados a partir dos álcoois correspondentes e, como no caso do flúor, são mais fáceis de usar e controlar reações do que com cloro elementar. Como alternativa ao bromo, a N-bromosuccinimida (NBS) é amplamente utilizada para bromar um alceno.