Halogenierungen sind außerordentlich nützliche Reaktionen, die in der synthetischen Chemie ein breites Anwendungsspektrum haben. Ein paar Beispiele: Die Chlorierung, Bromierung und Jodierung von Aldehyden und Ketonen in der α-Position ist unkompliziert, obwohl diese Reaktion mit Fluor nicht möglich ist. Die Halogenierung des α-Wasserstoffs in Carbonsäuren mit Brom oder Chlor kann über die Zell-Volhard-Zelinsky-Reaktion erfolgen, wobei jedoch ein Katalysator wie P oder PBr3 erforderlich ist. Je einfacher es ist, ein Substrat zu enolisieren, desto einfacher ist es, es zu halogenieren. Aus diesem Grund werden Acylhalogenide, Anhydride und Malonsäureester alle ohne Katalysator einer α-Halogenierung unterzogen. Bei der Hoffman-Umlagerungsreaktion wird Brom verwendet, um Amide in Amine umzuwandeln. Aromatische Ringe können bromiert oder chloriert werden, erfordern aber einen Katalysator wie Fe (eigentlich FeCl3) oder AlCl3 oder AlBr3. Fluor selbst ist zu aggressiv für die Fluorierung von Aromaten, aber es gibt Reagenzien wie ClO3F, die für die Fluorierung bestimmter Substrate wie Phenole verwendet werden können. Im Allgemeinen halogenieren Brom und Chlor leicht Verbindungen mit Doppel- und Dreifachbindungen.
Obwohl die Halogenierung mit X2 oder HX verwendet wird, sind diese Moleküle oft giftig, korrosiv und schwer zu handhaben. So sind beispielsweise Fluor und HF unglaublich korrosiv, reaktiv, verursachen unerwünschte Nebenprodukte und sind im Allgemeinen schwierig zu handhaben und die Exothermie der Reaktion zu kontrollieren. Aus diesem Grund wurden Verbindungen entwickelt, die ein Fluoratom liefern können, aber stabiler und kontrollierbarer sind. So ist beispielsweise Diethylaminosulfurtrifluorid (DAST) ein stabiler Feststoff, der Alkohole, Aldehyde und Ketone in das entsprechende Organofluorid umwandelt und weitaus sicherer und bequemer zu verwenden ist als Fluor oder Schwefeltetrafluoridgase. Reagenzien wie SOCl2 und PCl5 werden für die Herstellung von Organochlorverbindungen aus den entsprechenden Alkoholen verwendet und sind, wie im Falle von Fluor, einfacher zu verwenden und die Reaktionen zu kontrollieren als mit elementarem Chlor. Als Alternative zu Brom wird häufig N-Bromsuccinimid (NBS) verwendet, um ein Alken zu bromieren.